De East By West-veerboot was op weg naar Days Bay in Eastbourne vanaf Queens Wharf en vertrok vrijdag net na 06.00 uur.
De man was de enige passagier op het schip en was niet meer aan boord toen het schip de kade bereikte.
Rechercheur Sergeant Rachel Boyd zei dat de politie in dit stadium geen details over zijn identiteit zou vrijgeven.
Het is nog niet gevonden, maar er is een interessante potentiële locatie geïdentificeerd in de haven van Wellington.
“Naar aanleiding van de melding van een man die overboord viel, coördineerde het Nieuw-Zeelandse Maritieme Reddingscoördinatiecentrum een uitgebreide zoekactie op het water met behulp van gedetailleerde modellering en analyse van de haven- en zoekinspanningen,” zei Boyd.
“De zoektocht omvatte maximaal 14 schepen en een reddingshelikopter op zijn hoogtepunt.”
De zoekactie wordt maandag voortgezet en wordt gecoördineerd door de Marinepolitie-eenheid met hulp van de marine.
Boyd zei dat de politie de familie van de man op de hoogte zal blijven stellen naarmate de zoektocht naar hem vordert en hen steun zal bieden.